Η σύνδεση της Ελλάδας με την Ευρωπαϊκή Οικονομική Κοινότητα αποτέλεσε στρατηγική επιλογή και βασική επιδίωξη των ελληνικών κυβερνήσεων υπό τον Κωνσταντίνο Καραμανλή κατά την περίοδο 1955-1961.
Η επιλογή για συμμετοχή στην ΕΟΚ και όχι στην ΕΖΕΣ (Ευρωπαϊκή Ζώνη Ελευθέρων Συναλλαγών), που αποτελούσε το αντίπαλον δέος και βρισκόταν υπό τη βρετανική ηγεσία, ήταν πολύ πιο ελκυστική. Βασικός λόγος ήταν πως η Ελλάδα δεν μπορούσε να συμμετάσχει σε μια Κοινότητα βαριάς βιομηχανίας (γιατί δεν είχε), αλλά μπορούσε να συμμετάσχει σε μια Κοινή Αγορά. Επιπλέον, η ΕΟΚ έδινε έμφαση στο ζήτημα αγροτικών προϊόντων, που ήταν ζήτημα ζωτικής σημασίας για την Ελλάδα.
Τον Ιουλίο του 1961 υπογράφηκε επίσημα η συμφωνία σύνδεσης Ελλάδας – Ε.Ο.Κ., η οποία προέβλεπε τη μεθοδευμένη και σταδιακή ενσωμάτωση της ελληνικής οικονομίας στην ευρωπαϊκή και απαιτούσε δραστικές προσαρμογές σε διοικητικούς μηχανισμούς, οικονομικούς θεσμούς και δομές της χώρας.
Η εσωστρέφεια της πολιτικής ζωής τα χρόνια που προηγήθηκαν της δικτατορίας ώθησε ωστόσο στο περιθώριο όλα τα ζητήματα που σχετίζονταν με τη σύνδεση. Και όταν πια στην Ελλάδα καταλήφθηκε το δημοκρατικό καθεστώς, πάγωσαν όλες οι διαδικασίες. H στάση του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου έναντι του στρατιωτικού καθεστώτος της χώρας στάθηκε εξαρχής αυστηρή και ξεκάθαρη. Εφόσον η χώρα εστερείτο των δημοκρατικών της ελευθεριών και ήδη γινόταν λόγος για καταπάτηση των ανθρωπίνων δικαιωμάτων, για βασανιστήρια και εγκλεισμούς των πολιτικών αντιπάλων του καθεστώτος, δεν είχε θέση ανάμεσα στα άλλα μέλη της ευρωπαϊκής οικογένειας.
Στις 31 Ιανουαρίου 1968 η Κοινοβουλευτική Συνέλευση του Συμβουλίου της Ευρώπης ασχολήθηκε με δύο αναφορές, εκ των οποίων η μία της Διεθνούς Αμνηστίας, που στηλίτευαν την καταπάτηση από τους δικτάτορες των ανθρωπίνων δικαιωμάτων. Σχολιάζοντας την απόφαση αυτή, ο Στυλιανός Παττακός ανέφερε ότι το Συμβούλιο ενοχλεί την Ελλάδα όσο «ένα κουνούπι το κέρατο ενός βοδιού»…
Στις 9 Μαρτίου του 1969 ξεκίνησε έρευνα στην Αθήνα για τις καταγγελίες βασανιστηρίων που είχαν διατυπωθεί, πρωταγωνιστούντος του Ολλανδού εισηγητή Μαξ βαν ντερ Στουλ. Η υποεπιτροπή εξέτασε πολιτικούς και άλλους μάρτυρες και επισκέφτηκε τόπους κράτησης. Ωστόσο, στις 19 Μαρτίου ανακοίνωσε διακοπή της έρευνάς της στην Ελλάδα, καθώς το δικτατορικό καθεστώς δεν της επέτρεψε την εξέταση ορισμένων μαρτύρων και την επίσκεψη στις φυλακές Αβέρωφ και στο στρατόπεδο συγκέντρωσης της Λέρου. Έξι ημέρες αργότερα οι σκανδιναβικές χώρες και η Ολλανδία παρουσίασαν στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων αποδείξεις για βασανιστήρια.
Η χούντα βρισκόταν και επίσημα στο εδώλιο του κατηγορουμένου της Ευρώπης. Τον Δεκέμβριο του ‘69 το συμβούλιο της Ευρώπης καταδίκασε τη χώρα για παραβίαση των ανθρώπινων δικαιωμάτων. Πρόσωπα – «κλειδιά» για δρομολογηθούν οι καταγγελίες ήταν οι άγρια βασανισθέντες Περικλής Κορβέσης και Κίττυ Αρσένη, που κατάφεραν να αποδράσουν και να καταθέσουν μαζί με άλλους ενώπιον της Ευρωπαϊκής Επιτροπής. Στο πλευρό τους είχαν την εμβληματική πολιτική ακτιβίστρια Αμαλία Φλέμινγκ, η οποία είχε βασανιστεί, φυλακιστεί και απελαθεί από την Ελλάδα υπό το φόβο της διεθνούς κατακραυγής, τον γνωστό επαναστάτη Μιχάλη Ράπτη, κατά κόσμον Πάμπλο και τη Μαρία Μπέκετ, που από τη Γενεύη σχεδίαζε και οργάνωνε την απόδραση θυμάτων βασανιστηρίων από την Ελλάδα.
Οι αποκαλύψεις είχαν κλονίσει το διδακτορικό καθεστώς και οι Συνταγματάρχες έψαχναν τρόπο να αποφύγουν την ταπεινωτική αποπομπή από το συμβούλιο της Ευρώπης. Και αφού δεν υπήρχε τρόπος να αποφευχθεί, αποφάσισαν να το παίξουν… υπεράνω και να το παρουσιάσουν ως δική τους επιλογή.
Με ψήφους 92 έναντι 11 (20 αποχές) η Συμβουλευτική Συνέλευση του Συμβουλίου της Ευρώπης εισηγήθηκε στις 30 Ιανουαρίου του 1969 την εκδίωξη της Ελλάδας από το Συμβούλιο της Ευρώπης
Στις 12 Δεκεμβρίου, λίγο πριν η επιτροπή υπουργών Εξωτερικών του συμβουλίου της Ευρώπης προχωρήσει στην αποβολή της Ελλάδας από την Ευρώπη, ο υπουργός εξωτερικών του καθεστώτος Παναγιώτης Πιπινέλης, ζήτησε το λόγο: «Κατ’ εξουσιοδότηση της κυβερνήσεώς μου, επιθυμώ να ανακοινώσω εις το συμβούλιο ότι η Ελλάς καταγγέλλει το καταστατικόν του συμβουλίου της Ευρώπης και την σύμβασιν της Ρώμης, συμφώνως προς το άρθρο 7 του καταστατικού και αποχωρεί νομίμως του συμβουλίου της Ευρώπης».
Βγαίνοντας από την αίθουσα, ο Πιπινέλης ούρλιαξε, απευθυνόμενος στην Μπέκετ, «εσύ φταις!», μόλις την αντίκρισε.
Για τους συνταγματάρχες ωστόσο η εξέλιξη αποτέλεσε… διπλωματικό θρίαμβο. Σε μία απεγνωσμένη προσπάθεια περιορισμού των εντυπώσεων από την πολιτική της ήττα, η χούντα ετοίμασε υποδοχή ήρωα στον Παναγιώτη Πιπινέλη, κατά την επιστροφή του στην Αθήνα. Σύσσωμο το υπουργικό συμβούλιο του καθεστώτος τον υποδέχτηκε στην πίστα του αεροδρομίου του Ελληνικού, με επικεφαλής τον δικτάτορα Γεώργιο Παπαδόπουλο, ο οποίος τον ασπάστηκε. «Αισθάνομαι ευτυχώς διότι εξήλθεν η Ελλάς από το Συμβούλιον της Ευρώπης, υπερήφανος. Αν όμως συνέβη αυτό, τούτο οφείλεται κυρίως εις σας κ. πρωθυπουργέ, που κατεστήσατε την Ελλάδα σεβαστήν εις τους φίλους της και τρομεράν εις τους εχθρούς της», του είπε ο υπουργός Εξωτερικών, ολοκληρώνοντας το… θέατρο σκιών.
Σε σημείωμά του που υπαγόρευσε λίγο αργότερα, ο Κωνσταντίνος Καραμανλής κατήγγειλε την… επανάσταση (όπως χαρακτήρισε ειρωνικά), κάνοντας λόγο για γελοιοποίηση της Ελλάδας. «Η Κυβέρνησις των Αθηνών δεν είχε την ευφυίαν και το θάρρος να αναγνωρίση ευθύς μετά το πραξικόπημα ότι ευρίσκεται εν αταξία με τας συμβάσεις που υπέγραψε και να ζητήση η ιδία την προσωρινήν αναστολήν της συμμετοχής της εις τον οργανισμόν. Αντ’ αυτού προσεπάθει να εμπαίξη το Συμβούλιον, ισχυριζομένη άλλοτε μεν ότι το καθεστώς των Αθηνών απετέλει υπόδειγμα δημοκρατίας, άλλοτε δε ότι προτίθεται να επισπεύση την αποκατάστασιν του ελευθέρου πολιτεύματος της χώρας. Αποτέλεσμα της αντιφατικής, αλλά και δολίας συμπεριφοράς της, ήτο να γελοιοποιηθή διεθνώς η Ελλάς και να προκαλήται η αγανάκτησις των εμπαιζομένων».
Η «Ελληνική υπόθεση» – the Greek Case όπως έμεινε στην Ιστορία – αποτέλεσε ορόσημο στο Δίκαιο ανθρωπίνων δικαιωμάτων και παραμένει μέχρι σήμερα η μοναδική περίπτωση που χώρα εκδιώχτηκε από το Συμβούλιο της Ευρώπης. H διεθνής απομόνωση της χώρας, που συνεχίστηκε σε ολόκληρη την περίοδο της δικτατορίας, ήταν γεγονός, ωστόσο με τη στήριξη των ΗΠΑ, της Γαλλίας και του ΝΑΤΟ το απριλιανό καθεστώς θα εδραίωνε την κυριαρχία του έως και τις αρχές της δεκαετίας του ’70.